Ciao,
avevo capito che i dischi sono logici, tranquillo, altrimenti i conteggi degli hard disk non sarebbero tornati. Chiamali volumi così siamo tutti a posto 
riguardo le preoccupazioni di corruzione, di qualsiasi componente (sia esso il disco, i raid, le partition table o i dati ospitati) ti proteggi con i backup, non ci sono altre soluzioni. Una corruzione del dato non la correggi nemmeno con 20 dischi di parità o mille partizioni separate, si corrompe e basta. Vai coi Backup.
Per WS -> ESXi, registri in WS il server ESXi e ci puoi inviare le vm che crei localmente con WS, fa lui tutto in automatico.
Per le prestazioni del "nested" ESXi, o vESXi, si hai ovviamente una perdita di performance rispetto all'installazione sul fisico, di quanto però dipende unicamente dall'hardware che possiedi (occhio che ti serve una cpu che supporti le estensioni VT-d nel caso di Intel, con anche l'ulteriore estensione EPT), e dall'evitare di eseguire troppi processi e programmi mentre WS fa girare il server ESXi. E' comunque una soluzione pensata per fare tests, laboratori, o usi sporadici come appunto import/export di VM.
Luca